Das Verständnis von MES ist - historisch gesehen - geprägt durch die Sicht auf diskrete Fertigungsprozesse. Eine relativ große Anzahl hochspezialisierter Fertigungseinheiten arbeitet dort weitgehend autark. Sie sind in der Regel lediglich durch unterschiedlichste Einrichtungen zum Materialtransport verbunden. Für die anlagenweite Erfassung und Verarbeitung von Produktionsdaten bis hin zur Optimierung der Fertigungsprozesse wird Funktionalität benötigt, die nur mittels zusätzlicher Infrastruktur, dem MES-System, implementierbar ist.

Verglichen  mit der Fertigungsindustrie ist die Anzahl der Prozessstufen in der Prozessindustrie meist geringer. Auf Grund verfahrenstechnisch bedingter Verknüpfungen zwischen den einzelnen Prozessstufen ist aber eine deutlich höhere Integrationsdichte und ein komplexerer Informationsaustausch erforderlich. Funktionen, die in der diskreten Fertigung in übergeordneten Systemen angesiedelt sind, werden in der Prozessindustrie bereits unmittelbar auf der Steuerungsebene benötigt. MES muss daher eine Manufacturing Execution Solution sein, bei der wesentliche Teile der benötigten Funktionalität nach den Anforderungen aus Produktion und Organisation direkt in die Prozessleitebene integriert sind. Damit können die technologischen Besonderheiten des Produktionsprozesses optimal in der Gesamtlösung berücksichtigt werden. 

Führende Institutionen bestätigen diese Sicht auf MES in der Prozessindustrie:

• Die NAMUR - eine internationale Vereinigung von Anwendern für Automatisierung und MES in der verfahrenstechnischen Industrie - postuliert, dass MES-Funktionen als integrierter Bestandteil der Prozessleittechnik zu betrachten sind.
• Einer Untersuchung der Gartner Group zufolge wachsen ERP-Systeme zunehmend mit der Prozessleitebene zusammen, was mittelfristig zu einer Verdrängung klassischer MES-Systeme führen wird.